يهدف مركز اللغة السقطرية للدراسات والبحوث إلى تحقيق الأهداف الآتية:

1. دراسة اللغة السقطرية بالأساليب المنهجية العلمية.
2. تكوين نظام كتابي للغة السقطرية بحيث يتم تداولها عالميًا، ويفضل أن يكون الخط العربي أو المسند.
3. إثراء المكتبات العربية والعالمية بالدراسات والبحوث العلمية المتنوعة والمتعلقة باللغة السقطرية وبالتاريخ والتراث السقطري.
4. توعية الإنسان السقطري بتراثه اللغوي والتاريخي وغرس المفاهيم والطرق للحفاظ عليها.
5. تنظيم المؤتمرات والندوات العلمية وغيرها من الفعاليات العلمية والثقافية التي تهتم بالشأن السقطري.
6. إفادة الباحثين والطلاب في شتى مناحي العلوم ذات الاختصاص بالمنطقة.
7. جمع الدراسات والبحوث المحلية والعربية والأجنبية التي تناولت اللغة السقطرية والتراث التاريخي والثقافي السقطري.
8. ترجمة الدراسات والأبحاث الأجنبية التي تهتم بسقطرى أرضًا وإنسانًا.

وللمركز في سبيل تحقيق الأهداف استخدام الوسائل الآتية:

1. إنشاء مكتبة عامة، ووضع قاعدة بيانات تستوعب ما يهتم باللغة السقطرية، وتجميع الكتب والبحوث وأرشفتها.
2. التواصل مع مراكز الدراسات والبحوث في الجامعات الدولية والمنظمات الإقليمية للتعريف بالمركز.
3. إنشاء قسم الإعلام والعلاقات العامة في المركز للتواصل مع المختصين وأصحاب القرار.
4. الاستفادة مما جُمع من دراسات ومعلومات حول اللغة السقطرية من العرب والأجانب، وترجمتها، ودراستها.
5. الاهتمام باكتشافات الموروث اللغوي للغة السقطرية والنقوش القديمة من قبل المهتمين.
6. السعي إلى نشر أبحاث في اللغة السقطرية في كبرى المجلات العالمية.
7. إنشاء موقع إلكتروني باللغة العربية والإنجليزية يكون نافذة للمركز، ومسهّلًا للباحثين على التواصل.
8. التواصل مع المجمع العلمي والبحثي في الجمهورية اليمنية الذي أُسس حديثًا.
9. التواصل مع السلطات المحلية ومنظمات المجتمع المدني للمساعدة وتمكين المركز من القيام برسالته وتحقيق أهدافه.
10. عمل نشرات دورية تعريفية للغة السقطرية.
11. خلق علاقات زمالة مع جهات ذات العلاقة في المحافظة وخارجها.